除了以上的这些方法,对于功能性消化不良还可以借助药物来进行缓解,特别是上述的方法都不能缓解症状的时候,但是使用药物需注意避免滥用药物。针对精神抑郁的人可以用多虑平、阿米替林,而焦虑失眠的患者则可以使用安定、阿普唑仑;一些同时又反流症状的人可以用促动力药物、抑酸剂还有粘膜保护剂。