在临床上进行功能性消化不良的治疗时,首先应看是否有消化系统器质性病变的可能,对于贫血、消化道出血、消瘦、吞咽苦难等症,不能轻易地断定为功能性消化不良。而有些功能性消化不良的患者常会有肠易激综合症,而此症的患者也有可能会有消化不良的情况,所以对于两症的诊断要依主要症状和客观检查,不能混淆两者。